En el año 1888, ante la manifiesta necesidad expresada por numerosos académicos de contar con un recinto de estudio que albergara el saber, plasmado en las páginas de libros y revistas, de los que fueran autores, hombres prominentes de la Medicina, y quienes fueron responsables del desarrollo de nuevos conocimientos en las distintas especialidades de esta disciplina, tiene lugar la creación de la Biblioteca de la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad Nacional de Córdoba.
El día 11 de septiembre de 1962, bajo el decanato del Prof. Dr. Juan Martín Allende, se realizó la inauguración simbólica de la Biblioteca de la Facultad de Ciencias Médicas.
En el año 1992, en reconocimiento a la obra realizada por el mencionado Decano, en beneficio de la dependencia, se le adjudicó su nombre. Desde entonces se llama Biblioteca de la Facultad de Ciencias Médicas Prof. Dr. Juan Martín Allende y hoy cumple 133 años.

En el marco de la actual gestión del Decano Dr. Rogelio Pizzi y la Vicedecana Marta Fiol de Cuneo, se fortalecieron las actividades de la Biblioteca de la Facultad de Ciencias Médicas, se le dio acceso como socios becados a alumnos de post-grado de la FCM y de la Municipalidad de Córdoba.

Por otro lado nuestra Biblioteca continuó funcionando durante el confinamiento por la pandemia de coronavirus, con acceso virtual a recursos electrónicos. 

Se firmaron también acuerdos con Health Education for Equity (HEFE)